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자동항법장치는 추진 장치를 발사하여 임팩터가 혜성과 충돌하게 만든다. 이때 얼음과 먼지 파편이 크레이터에서 분출될 것이며 혜성의 구성 물질을 알 수 있다.
임팩터가 혜성을 향하는 사이 500㎞의 거리를 두고 근접비행 탐사선이 함께 비행하게 된다. 근접비행 탐사선은 혜성과 충돌하는 13분 동안 충돌 장면을 찍을 예정이다. 딥 임팩트호는 이 충돌과정을 효과적으로 관측하기 위해 적외선 분광계, 카메라 등 4가지 관측장치를 적재하고 있다.
혜성에는 태양계의 구성물이 변하지 않은 채 잘 보존되어 있다. 과학자들은 딥 임팩트호가 혜성과 충돌할 때 혜성의 핵에서 분출되는 입자들을 볼 수 있을 것으로 기대하고 있다. 얼어붙은 천체(혜성)의 물질과 그 성격을 관측함으로써 태양계 형성 과정의 비밀을 알 수 있을 것으로 기대된다.

그러니까 목적은 혜성의 오래된 내부 물질을 분석해서 태양계형성과 비교해 보는것이죠. 방법은 우주선이 쇳덩이 같은것을 혜성에 쏘아 부수고 나온 조각을 수집하는 겁니다. 충돌시키는 물체를 더크게 하면 영화 딥임팩트처럼 지구로 날아오는 혜성을 파괴시킬수도 있는 것입니다.
이번경우는 혜성의 궤도에는 전혀 영향을 주지 못했고 단순히 파편을 모아왔을 뿐입니다.