자립형사립고등학교는 정부의 보조금을 받지 않고 학교 스스로 교과과정을 운영하고 학생과 교사의 선발, 교육비 책정 등에 대해서도 정부의 간섭을 받지 않는 학교를 말한다.
고등학교 평준화의 문제점을 개선하기 위해 2001년에 도입되어 시범 운영되었다. 2001년 9월 각 시·도교육청이 자립형사립고등학교를 희망하는 학교의 신청을 받았으며, 자체 심사를 거쳐 교육부에 추천하였으며, 교육부는 선정심사위원회의 심사를 거쳤다. 시범 운영 대상학교는 건학이념이 분명하고 재정결함 보조를 받지 않으며, 특성화 프로그램을 운영하는 학교가 우선대상이었다.
IT 등 특정 분야 인재를 육성하는 학교나 법인전입금 비율이 높은 학교는 가산점이 부여되고 학교 또는 재단 비리에 연루된 학교는 제외되었다. 그 결과 민족사관고등학교, 광양제철고등학교, 포항제철고등학교, 해운대고등학교, 현대청운고등학교, 상산고등학교, 2010년 개교한 하나고등학교가 자립형사립고등학교로 운영되었다.