방영목록과 대체된 부분은 빨간색 형광으로 표시했습니다.

2005년 12월 6일 : 황우석 배아줄기세포와 관련된 방송이 예정되어 있었으나, 황우석 교수팀의 배아줄기세포와 관련한 취재윤리 위반으로 인해 12월 6일 방송분은 자연다큐멘터리 공생과 기생으로 대체되었으며, 다음주 방송분에서도 배아줄기세포 방송분이 아닌 다른 방송분으로 대체되었다.

2005년 11월 22일 :〈황우석 신화의 난자 의혹〉편에서 황우석 교수의 줄기세포 연구와 관련하여 비판적인 보도(실험용 난자매매 의혹)를 했다. 황우석씨를 비판하는 것이 국익에 반하는 것이라 여겨 PD수첩을 비난하는 여론이 있었다. 당시 14개 광고주가 계약을 취소해서, 문화방송은 광고 없이 방영해야 했다.

PD수첩의 방송 직후 논문의 의혹에 대해 누리꾼들이 비이성적으로 대처하는 동안, 생물학 전공 연구원 및 학생들은 생물학연구정보센터(BRIC)의 게시판 소리마당을 통하여 연구 결과의 문제점을 과학적으로 조목조목 지적하였다. 12월 5일에 논문의 사진 중복에 대한 제보가 처음 올라왔고, 12월 6일에는 논문에서 DNA 지문 비교가 조작되었을 가능성을 지적하는 글이 올라왔다. 이 의혹은 모두 사실로 밝혀졌고 결국 황우석 교수는 12월 17일 기자회견을 통해서 '인위적 실수'라는 표현으로 논문 조작을 사실상 시인하면서 PD수첩의 보도는 사실로 입증되었다. 하지만 그와 함께 취재과정에서 취재윤리를 일부 위반한 것도 확인되었다.

2005년 12월 4일 : 문화방송 측은 PD수첩이 황우석 교수의 줄기세포와 관련한 보도에서 취재 윤리를 어기면서 무리하게 취재했음을 인정했다. 문화방송 측은 인사위원회를 열고 취재 윤리 위반과 관련해 최승호 책임 PD, 한학수 PD에게 감봉 1개월, 최진용 시사교양국장에게 근신 15일의 징계를 내리기로 했다. 이하는 취재 목록이다.

• 659회 2005년 11월 22일《황우석 신화의 난자 의혹》
• 661회 2005년 12월 15일《[특집] PD수첩은 왜 재검증을 요구했는가?》
• 662회 2006년 1월 3일《줄기세포 신화의 진실》
• 663회 2006년 1월 10일《황우석 신화, 어떻게 만들어졌나!》
• 664회 2006년 1월 17일《생명과학 위기를 넘어》