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한국과 일본이 2016년 11월 23일 군사정보 직접 공유를 위해 체결한 협정이다. 한민구 국방부 장관과 나가미네 야스마사(長嶺安政) 주한 일본대사는 11월 23일 국방부 청사에서 양국을 대표해 군사정보보호협정(GSOMIA)에 서명했으며, 상대국에 대한 서면 통보를 거쳐 이날 발효됐다.

GSOMIA는 2010년 6월 당시 일본 방위상이 우리 측에 제안하면서 시작돼, 2011년 1월 양국이 한일 국방장관회담에서 협정을 추진할 것을 밝히면서 본격화됐다. 이에 2012년 4월 협정 체결안 가서명이 이뤄지고 6월 국무회의에서 통과됐으나 밀실 추진이라는 국민적 비판 여론에 직면하면서 막판에 무산됐다. 그러다 2016년 9월 라오스에서 열린 박근혜 대통령과 아베 총리의 정상회담에서 GSOMIA 체결에 대한 논의가 이뤄졌고, 정부는 10월 27일 GSOMIA 재추진을 전격 발표했다.

이후 야권과 진보 성향 시민단체 등이 강력 반발했으나 정부는 관련 절차를 진행했으며, 11월 1일과 9일 도쿄와 서울에서 2차례에 걸친 실무협의를 마치고 14일에는 협정안 가서명이 이뤄졌다. 이어 법제처 심사 종료(11월 15일), 차관회의 통과(17일), 국무회의 통과 · 박근혜 대통령 재가(22일)가 일사천리로 진행되면서 23일에 협정 체결이 이뤄졌다. 그러나 해당 협정은 일본과의 군사 협력이 시기상조라는 여론과 국정농단 사태(박근혜-최순실 게이트)로 나라가 혼란한 가운데 정부가 일방적으로 밀어붙이면서 거센 비판을 받았다. 즉 당시 정부는 2016년 10월 27일 일본과의 GSOMIA 체결 협상 재개를 발표한 지 단 26일 만에 대통령 재가까지 마친 데 이어 서명식을 비공개로 진행해 밀실서명이 아니냐는 비난을 받았다. 

협정은 군사정보의 전달·보관·파기·복제·공개 등에 관한 절차를 규정하는 21개 조항으로 구성됐다. 일본은 우리가 군사정보보호협정 또는 약정을 체결한 33번째 국가로, 우리 정부가 일본과의 군사협정을 체결한 것은 처음이었다. 협정문이 명시한 군사 비밀은 '당사국이 생산하거나 보유한 국가안보 이익상 보호가 필요한 방위 관련 모든 정보'로 정의됐다. 협정은 양국이 교환하는 정보의 수준을 한국은 군사 2급 비밀(Secret)과 3급 비밀(Confidential)로, 일본은 극비 · 특정 비밀(Secret)과 HI급 비밀(Confidential)로 정해 1급 비밀을 제외한 모든 정보가 교환 대상이 됐다. 이 협정의 발효로 한일 양국은 북한의 핵과 미사일 동향 등 대북 군사정보를 미국을 거치지 않고 직접 공유할 수 있게 됐다. 

일본은 정보수집 위성 5기, 이지스함 6척, 지상레이더 4기, 조기경보기 17대, 해상초계기 77대 등 고급 정보자산을 통해 얻은 영상정보 등을 한국에 제공하게 되며 한국은 탈북자나 북 · 중 접경지역의 인적 네트워크(휴민트), 군사분계선 일대의 감청 수단 등을 통해 수집한 대북정보를 일본에 전달하게 된다. 이 협정의 유효기간은 1년이지만 다만 기한 만료 90일 전(만기일: 8월 24일) 협정 종료 의사를 서면 통보하지 않는 한 자동으로 1년 연장된다. 우리나라가 앞서 32개국과 맺은 군사비밀정보보호협정 또는 약정에서는 유효기간을 따로 정하지 않거나 5년으로 정하고 있다.

청와대가 2019년 8월 22일 국가안전보장회의(NSC)를 열고 한일군사정보보호협정(GSOMIA, 지소미아)을 종료하기로 결정했다고 밝혔다. 김유근 청와대 국가안보실 1차장은 이날 브리핑을 열고 지소미아 종료 이유에 대해 '일본이 우리나라를 화이트리스트에서 배제하는 등 안보 환경에 중대한 변화가 초래'돼 협정을 지속하는 것이 우리의 국익에 부합하지 않는다고 판단했다고 밝혔다. 당초 협정은 2019년 8월 24일까지 한일 양국 어느 쪽이든 종료 의사를 밝히지 않는다면 자동적으로 1년 연장될 예정이었다.

이후 정부는 2019년 11월 23일 0시를 기해 발효될 예정이던 한·일 군사정보보호협정(GSOMIA) 종료 통보의 효력을 일시 중지하고, 일본의 반도체 3개 품목 수출규제와 관련해 진행 중인 세계무역기구(WTO) 제소 절차도 일시 정지키로 했다. 대신 일본은 한국과의 협의를 거쳐 반도체 3개 품목에 대한 수출규제 및 화이트리스트(수출절차 우대국) 제외 조치를 재검토하기로 했다. 이는 GSOMIA 종료를 불과 6시간 앞두고 발표된 것으로, 한·일 양국이 GSOMIA 조건부 연장과 수출규제 조치 재검토에 합의한 것이다.

윤석열 대통령과 기시다 후미오 일본 총리가 2023년 3월 16일 일본 도쿄에서 정상회담을 갖고 12년 만의 셔틀외교 복원 등 양국 관계 회복을 선언했다. 또 양국 정상은 한·일 군사정보보호협정(지소미아) 종료 유예 철회와 일본의 수출규제 해제 등에도 합의했다. 그리고 우리 외교부는 3월 21일 외교경로를 통해 2019년 일본 측에 통보한 지소미아 관련 2건의 공식서한을 모두 철회한다는 결정을 일본 측에 서면으로 통보했다고 밝혔다. 이는 기존에 '종료 통보 효력 정지' 상태여서 운영은 되지만 법적으로는 불안정했던 지소미아의 지위까지 완전히 정상화하기 위한 조처다.