남도일은 소꿉친구 미란이와 놀이공원에 놀러갔다가 사건이 터지고 용의자 신분인 진과, 워커를 목격하게 됩니다
다행히도(?) 진과 워커는 범인이 아닙니다 하지만 사건이 해결되고 미란과 집에 가려하는데 진과 워커의 수상한 거래를 보게되고 그장면을 본 진은 남도일에게 독약인 아포톡신4869를 먹옇는데 죽지않고 어린아이가 되어버렸다. 도일은 정체를 숨기고 코난의 이름으로 살게되고 얼마뒤 장미를 학교에서 만나게 된다. 하교후 장미는 자신이 검은조직일원이고 너는 남도일이며 아포톡신4869를 먹어 작아졌다고 말했다 하지만 자신도 같은처지라며 같이 싸워나가자고 한다
그 후 우연히 장미와 코난은 진의 자동차인 포르쉐356a를 보게되고 살.인계획을 알게되고 그 살.인 계획 장소에 가게된다. 거기서 하이바라는 총.살위기에 처하지만 코난이 구해준다
코난과 장미는 베르무트라는 코드네임을 가진 진과 워커의 동료를 알게되고 그 자가 누구인지 추궁하는 와중에 자신들의 동지인 FBI를 만나게 된다
FBI동지들은 검은조직 과의 팀장(?)인 제임스블랙과 FBI의 기둥 같은 존재 이상윤. 조디선생. 안드레캐맬이다
이들은 베르무트=크리스 빈 야드=샤론 빈 야드 라는것을 알아낸다.
그 후 이들은 검은조직과의 재회를 하게된다
손예나라는 아나운서는 벨튀하는 범인을 잡아달라 하고 코난은 만일에 대비해 도청.위치추적 기계를 벽에 달아논다
사건이 해결되고 코난과 유탐정일당은 집에 돌아가려하는데 그 손예나가 코난이 설치한 기계를 밟고 코난은 그녀가 키르라는 조직코드네임을 가진 조직원이라는것과 키안티,코른이라는 저격수가 같이한다는것을 도청을 통해 알아내고 살인계획을 알아낸다 그사건을 막으려 FBI들과 만나게 된다. 이들은 검은조직과 사투를 끝해 살.인계획을 막지만 도청기구를 발견한 진은 총구를 유탐정에게 돌리지만 이것도 역시 이상윤이 막아 사건에 종점을 찍는다 이사건중 손예나는 교통사고를 당하고 베이카 종합 병원에서 FBI 보호하에 입원하게된다
검은조직들은 다시 한번 이를 간다 바로 손예나구출작전인데 키르=손예나=CIA요원이자 검은조직 스파이라는것을 코난과 FBI는 알게되고 어떻게 해서든 키르를 뺏기는것을 막기로한다. 병원에 침투한 말단 조직원 구만식은 키르가 베이카병원에 입원해있다는것을 검은조직에게 알리고 이상윤은 구만식과 추격전을 벌이다 구만식은 자.살을 하고 진과 그 일당들은 베이카 병원을 공격하여 키르를 쟁취해오고 이상윤을 키르로 통해 죽이게 한다
많은 평화(?)후에 다시 조직의 그림자를 코난은 보게된다. 바로 버본이라는 무서운 조직원이 이상윤 순직사건을 검토하고있다는 것이다 그 버본의 후보는 안기준.최수현.세라 이다 이중 버본은 안기준이다는게 밝혀지고 세라는 영역밖의 여동생과 함께 다니게된디
ㅡㅡㅡㅡ여기서부터 더빙Xㅡㅡㅡㅡ
코난은 버본=안기준=후루야 레이(본명)=공안임을 알게되고 작가는 이상윤은 죽지않고 코난의 지시하에 키르와 합을 맞춰 죽는 연기를 했다는것이고 이상윤은 최수현이라는것이다 작가는 300회. 약 6년의 큰그림을 그린것이다.
코난과 FBI는 RUM.럼이라는 조직내 NO.2의 존재를 알게되고 럼의 특징은 의안.장발남자.노인.건장남성이라는 특징을 알게된다 현재 코난은 경찰청소속 경찰관 야마모토 칸스케. 쿠로나 효우에를 의심한다.
한편 장미와 영역녀가 비슷하게 생겼다는 떡밥을 내고
버본과 아카이(이상윤)의 관계를 악화시킨 스.카.치.라는 신캐를 낸다
아카이가( 家 )는 첫째 아카이. 둘째 쇼기명인 하네다 슈키치. 셋째 세라 마스미라는 것이다
또 하네다코지는 17년전 아포톡신4869복용-사망자라는것이다
란의 공수도 친구로 와다히나라는 신캐 추가
ㅡㅡㅡㅡ일본애니X 네타본ㅡㅡㅡㅡ
하네다코지는 살해당할때 ASACA RUM이라는 암호를 내놓고 코난일당은 RUM=ASACA라는것을 알게된다
럼의 후보로 와사카루미. 와키타 카네노리가 추가된다
핫토리 헤이지의 첫사랑(?)은 오오카 모미지? 라는 신캐를 낸다 이때 모미지는 4월 일본에서 개봉할 21기 코난 극장판 진홍의연가(러브레터)의 주인공이다
이오리 무가라는 똑똑한 모미지의 집사이다
아카이와 버본,스카치는 각각 FBI, 공안이다 버본과 스카치는 서로의 정체를 알고 스파이짓을 막 시작했던시절 아카이는 스카치의 정체를 알게되고 스카치는 자ㅣ살하려하자 아카이는 자신이 FBI란걸 밝히고 자.살을 중지시키려하자 버본이 올라오고 스카치는 버본인줄모르고 자.살했고 버본은 아카이를 오해한다
영역녀는 아카이가의 어머니.
ㅡㅡㅡㅡ기자회견ㅡㅡㅡㅡ
아카이와 아케미는 사촌지간

검은조직멤버
그분(보스)
럼
진
워커
베르무트
키르
라이
버본
스카치
데킬라
칼바도스
아이리쉬
리슬링
아쿠아비트
스타우트
큐라소

⊙ 검은조직 멤버

- 보스- no.2 : 럼(RUM)

- 중간 보스 : 진- 저격수 : 키안티, 코른- 멤버 : 워커, 베르무트

- 스파이 : 버본, 키르, 아쿠아비트(극장판 순흑의 악몽 캐릭터), 리즐링(극장판 순흑의 악몽 캐릭터), 스타우트(극장판 순흑의 악몽 캐릭터)

- 사망 : 미야노 아케미, 피스코, 데킬라, 미야노 아츠시, 미야노 엘레나, 칼바도스, 아이리쉬(극장판 칠흑의 추적자 캐릭터), 큐라소(극장판 순흑의 악몽 캐릭터), 노미구치 시게히코(정치인), 하라 요시하키(극장판 천국으로의 카운트다운 캐릭터), 쿠스다 리쿠미치, 오카구라 마사아키(극장판 칠흑의 추적자 캐릭터), 이타쿠라 사구루(프로그래머)

- 연구원 : 쉐리(미야노 시호, 하이바라 아이)

● 줄거리

쿠도 신이치는 경찰에 협조해 어려운 사건들을 해결해 왔던 고등학생 탐정이다. 어느 날 소꿉친구인 모리 란과 유원지 트로피컬 랜드에 놀러오게 되었고, 마침 탔던 제트 코스터에서 살인사건이 일어난다.제트 코스터에서 일어난 사건을 해결한 후, 당시 용의자중 한명이었던워커의 수상한 행동을 본쿠도 신이치가 의문을 품고 뒤쫓아갔다가검은 조직의 거래를 목격한다. 이때 뒤에서진이 눈치채고 다가와 쿠도 신이치를 기절시키고 독약인APTX4869를 먹인다.다행히 부작용이 일어나쿠도 신이치는 유아화되고, 이웃인아가사 히로시에게 사정을 설명한 뒤에도가와 코난이라는 이름으로 살아가게 된다.모리 코고로의 친구 결혼식에 참석하기 위해신칸센을 타고교토로 향하던에도가와 코난이 열차 안에서진과워커를 목격한다. 이들의 이야기를 엿들은 코난은열차 안에 시한 장치가 된 폭탄이 있다는 것을 알게 되며, 추리 끝에 폭탄이 든 가방을 찾아내 열차 밖으로 차버린다. 그러나 그 가방을 넘기고 있던 범인은 검은 조직에 대해서는 아무것도 몰랐다. (이런 패턴은 초반부에만 한정된다.)여담으로 만화책 정발판에서는 '진 형님'이라는 대사를 빼먹어서 워커의 암호명만 들은 코난이 진과 워커의 암호명을 알고 있는 모순이 있었고, 애니메이션은 당시 감독이 무슨 생각을 했는지 진과 워커를 빼버렸기 때문에후에 게임회사 살인 사건에서 만난 적도 없는데 암호명을 알고 있는 오류가 생기게 된다. 아마 하단의 사건처럼 명탐정 코난이 아직 장기 애니메이션이 아니었기 때문일 듯 하다. 이 때문에 52화 <키리텐구 전설 살인사건> 편 도입부에서 살짝 총정리를 해주면서(극장판 로고 넘어가면 나오는 것과 동일) 진, 워커의 코드네임을 언급해주고 간다.탐정사무소에히로타 마사미라는 여자가 아버지를 찾아달라는 의뢰를 하기 위해 찾아온다. 모리 코고로가 수월하게 아버지를 찾아주지만, 아버지는 다음날목을 멘 시체로 발견되었다. 이 와중에 코고로의 주위를 맴돌던 남자를모리 란이 잡는다. 이 사람은 또 다른탐정으로, 같은 사람을 찾아달라는 의뢰를 또다른 의뢰인으로부터 받았다고 한다. 그 의뢰인을 찾아가나 이미 숨져있는 상태였다. 코난은 생각 끝에 히로타 마사미와 죽은 두 사람이 10억엔 은행강도사건의 3인조임을 눈치채고 여자가 다른 일당을 처리하고 돈을 가로챘음을 알게 된다.히로타 마사미는 사실검은 조직의 일원인 미야노 아케미로, 일을 성공하면 자신과여동생을 조직에서 나가게 해주겠다는 조건으로 일을 맡았으나, 처음부터 그녀의 요청을 전혀 들어줄 생각이 없었던진은 그녀를 쏴버린다.히로타 마사미의 뒤를 쫓아간 코난이 죽어가는 그녀를 발견했고, 그녀는 진짜 돈을 어디에다 숨겼는지 말해주고 사망한다.애니메이션은 원작과 내용이 다르게 진행되었다. 히로타 마사미를 포함한 3인조 은행강도범들은검은 조직과 연관이 없으며, 히로타 마사미가 마지막에 접선한 것도 진이 아니라 검은조직과 관련없는 장발의 사내다. 이름은 오키타. 오키타는 자신은 범죄를 기획, 구상하고 범죄를 실행할 사람들을 스카웃하여 뒤에서 조정하는 인물. 마사미의 말에 따르면 계획을 실행한 후에는 범죄를 실행했던 사람들을 모두 죽여버린다. 10억엔 강도 사건을 기획한 것도 오키타이며, 실제로 3인조 모두 죽이려한다. (3인조 중 히로타는 같은 3인조의 동료 거구의 남자에게 살해당하고, 거구의 남자는 오키타가 준비한 독약을 먹고 죽는다. 그리고 마지막에 권총으로 마사미를 살해하려하나 코난이 막는다) 또한 그 사내는 코난이 메카의 힘을 빌어 제압한 덕분에 히로타 마사미는 죽지 않고 끝난다. 이에 대해선 초기에 코난 애니메이션이 4쿨 오리지널 완결로 계획되었기 때문이라는 설이 있다.만텐도에서 '명탐정 모리 코고로의 추리의 저택'이라는 게임이 발매되어 그 발표회에 초대된 모리 탐정 일행은 베이카 호텔에 오게 된다. 호텔 프론트에서 개발부 직원들과 만난 모리 일행은 가방을 맡기려고 프론트로 가는데 개발부 직원들이 바쁘다며 새치기를 하고 회사 가방을 맡긴다. 발표회를 즐기던 코난은 수상한 거구의 사내가 프론트에서 회사 가방을 하나 찾아가는 것과 이후 자판기에서 주스를 살 때 그 사내가 자신을 '데킬라'라고 하며 워커와 통화하는 것을 목격한다.코난은 동전을 줍는 척 그의 신발에 도청기와 발신기를 설치해서 단서를 찾으려 했으나, 마침 같은 시각 누군가가 개인적인 복수의 이유로 데킬라와 거래한 사람을 죽이려고 그의 가방을 바꿔치기하는 바람에 엉뚱하게도 그 가방이 데킬라의 손에 들어가 결국 데킬라는 폭발에 휘말려 죽는다.이후 코난은 기절한 모리 코고로를 이용해 폭탄 살인범을 지목한 뒤, 범인이 진짜 죽이려고 했던 사람에게 데킬라와 어떤 거래를 했는지 추궁한다. 그는 순순히검은 조직과의 거래 장소의 주소를 불었고, 코난은 바로 그 곳으로 달려가나 엘리베이터를 타고 올라가는 도중 거래가 있는 카페의 층에서 의문의 대폭발이 발생,검은 조직의 흔적은 모조리 사라지고 만다.여러모로 연재 초기 기틀이 잡히지 않은 모습이 보이는데, 카페가 데킬라 사후가 아닌 모리 탐정의 진상규명 후임을 감안하면, 카페를 터트린 이유는 모리 탐정의 조직에 대한 추궁으로 인해 조직의 꼬리가 밟힐까봐 행한 처리라고 볼 수밖에 없는데, 그러면 대놓고 조직의 이름까지 언급한 모리 탐정이 무사할 리가 없다. 사실상 설정구멍.게다다 존재가 드러나지 않도록 은밀히 처지한다는 검은 조직의 일치고는 너무나도 화려한 폭발이었다.코난이 다니는 테이탄 초등학교에 하이바라 아이라는 전학생이 온다. 소년 탐정단에강제가입되는데, 사건 의뢰를 한 동급생의 형을 찾겠다며 나서다가 위조지폐 사건에 휘말린다. 코난은 동급생의 묘사(검은 옷을 입은 남녀)만 듣고 그들이검은 조직의 일원이라 생각했지만, 범인은 결국 조직과 상관이 없는 것으로 밝혀졌다. 그런데 같이 다니던 하이바라가 자신이검은 조직의 과학자인 '셰리'임을 코난에게 밝힌다.APTX4869의 데이터가 들어있는 디스켓이 과거 하이바라의 언니미야노 아케미의 지도교수였던 히로타 마사미 교수가 갖고 있을 수도 있다는 말을 들은 코난 일행은 히로타 교수에게 연락해 이에 대해 확인한 후 디스켓을 가지러 히로타 교수의 집으로 가는데, 히로타 마사미는 이미 살해당한 뒤였다. 사건이 해결된 후, 하이바라가 갑자기 눈물을 흘리며 "그렇게 좋은 머리를 가지고 있으면서 왜 우리언니는 구해주지 못했어? 히로타 마사미는 언니가 썼던 가명이야! 어째서... 어째서…!" 라고 외쳐서 <검은 조직 10억엔 강탈사건>의 범인인 '히로타 마사미'의 본명이 미야노 아케미이며, 그녀의 여동생이 바로 하이바라 아이임이 드러난다. 경찰의 조사가 끝난 뒤에 디스켓을 손에 넣을 수 있었지만, 조직이 디스켓에 심어놓은 바이러스 때문에 데이터가 모두 없어지고 만다.코난과 하이바라는 길거리에서진의 차, 포르쉐356A를 발견한다. 코난은 그 차에 발신기와 도청기를 장치했으나, 이를 눈치챈 진이 망가뜨리고 장미가 떨어트린 갈색 머리카락을 찾아낸 뒤 "다시 만나게 되겠군,셰리"라며 기뻐한다. 이에 코난과 하이바라는피스코라는 조직원이 하이도 시티 호텔에서 누군가를 암살할 것이라는 정보를 얻어내어 그곳으로 향한다.그 호텔에선 한 영화가의 추모회가 열리고 있었고, 그곳에서 한 정치가가 샹들리에에 깔려 살해된다. 설치되어 있던 도청기가 셰리와 연관이 있음을 눈치챈 진은 피스코에게 조직을 배신한 셰리가 그곳으로 갈 거고, 발견하면 죽여서라도 붙잡으라는 지시를 내린다.코난과 함께 정치가를 죽인 피스코를 추적하던 하이바라가 피스코에게 붙잡혀 창고에 갇히고, 탈출하기 위해 감기가 걸린 상황에서 고량주를 먹고 잠시 어른이 된 하이바라가 진과워커에게 죽을 위기를 겪는 와중에 코난이 그녀를 구한다.그나마 하이바라의 정체를 알고 있던 피스코는 표적암살 임무중 어떤 카메라맨에게 우연히 사진이 찍혀버려서 내일 신문1면의 주인공이 되버리게 된 어처구니 없는 실수를 저질러서 그대로 진에게 사살당했기 때문에 코난과 하이바라의 정체가 들통나지는 않는다.다만 이 에피소드 끝에 추모회에 참석한 미국 여배우 크리스 빈야드가 조직원 중 한 명으로 코드명이 베르무트이며, 피스코의 알리바이 조작을 도와줬다는 게 밝혀진다. 시간이 흐른 후 이 때의 일이 화제가 되었을 때 하이바라는 이 때 피스코만이 아니라 다른 조직원도 있었던 거 같다는 말을 한다. 코난은 나중에 저 당시 있었던 조직원이 누구일지핫토리 헤이지와 의논하다가 '그 사건 직후 활동을 접고잠수를 탄 유명인은 하나'라는 사실에 도달하여 크리스 빈야드=검은 조직의 일원이라는 걸 짐작한다. 코난의 의견을 들은 헤이지는 곧바로용의자가 있다고 말하지만, 정확히 밝혀내진 못한다.소년 탐정단과아가사 히로시가 버스를 타고 스키장으로 가는 도중에,아라이데 토모아키와조디 센티밀리온도 그 버스를 타게 된다. 그런데 이들이소년 탐정단일행 쪽으로 올 때하이바라 아이는검은 조직의 사람이 다가오고 있다는 걸 느끼고는, 부들부들 떨면서 자신의 옆자리인 창가 쪽에 앉아 있던에도가와 코난에게 자신과 자리를 바꿔달라고 부탁한다. 코난은 그녀가 왜 그러는지 알고는 부탁을 들어주지만, 하이바라가 후드를 쓴 채 떨기만 할 뿐 정확히 누구 때문에 그러는지는 말하지 않아 약간은 어리둥절해 한다. 이 뒤에, 막 버스에 탄 수상한 승객 두 명이 총을 꺼내들고 버스를 납치한다.코난은 귀걸이용 전화로 경찰을 부르려 했지만 납치범들이 알아채고는 전화를 뺏어가자, 맨뒷쪽 좌석에 앉아 있는 승객 3명 중 한 명이 납치범들의 동료임을 알아챈다. 코난이 어떻게든 상황을 타개하려고 했을 때 빡친 납치범이 총을 겨누는데, 이 때아라이데 토모아키가 온 몸으로 코난을 가리면서 보호했다.잠시 후, 납치범들이아라이데 토모아키와 맨뒷쪽 좌석에 앉아 있는 승객 중 한 명인아카이 슈이치더러 앞으로 나오라고 한다. 이 때 납치범들의 계획을 알아차린 코난이 바로 앞좌석에 앉아 있는조디 센티밀리온쪽으로 뭔가 적은 수첩을 던졌는데, 수첩을 본 조디는립스틱을 빌려달라는 메시지를 읽고는 뒤쪽으로 립스틱을 던진다. 직후베르무트의 모습이 등장, '그 립스틱으로 뭘 할 생각이지? 어떻게 하는지 지켜보겠어, Cool Guy.'라는 독백을 한다.납치범들은 터널에 접어들자 아라이데와 아카이의 옷으로 갈아입고, 그 둘에겐 자신들이 입은 스키복으로 갈아입도록 시킨다. 그 후 맨 뒷줄에 있는 동료를 인질인 척 잡아, 탈출 수단을 얻기 위해 인질을 붙잡아 협박한다. 이 때 코난은 어둠을 틈타 아이들과아가사 히로시에게 지시를 내린다. 터널을 빠져나오자, "거짓말. 어차피 폭탄으로 승객들 모두를 죽일 생각이잖아?"라며 STOP이란 글자가 거꾸로 쓰인 짐을 아가사 박사와 함께 위로 들어올린다. 그 짐엔 폭탄이 들어 있었기에 납치범들은 코난에게 총을 겨눴지만, 폭탄이 터질까봐 쏘진 못한다. 버스 기사는 백미러를 통해 STOP이란 글자를 보고 급히 브레이크를 눌렀고, 이 때문에 버스가 급정차한 여파로 버스 안은 아수라장이 된다. 버스가 멈춘 뒤 코난이 납치범 한 명을 마취총으로 잠재우고, 아라이데에게 그 여자가 차고 있는 시계는 폭탄의 기폭장치니 그 여자의 양손을 붙잡으라고 소리치자, 다른 납치범이 코난에게 총을 겨누는데조디 센티밀리온이 가격해서 그를 넘어뜨린다. 남자는 총을 그대로 조디에게 겨눴지만, 조디가 납치사건 초반에 발을 걸어 그 남자를 넘어뜨린 후, 사과하는 척 하며 슬쩍 그의 총에 안전장치를 걸어뒀기 때문에 총은 발사되지 않았다. 조디는 당황한 납치범이 누구냐고 묻자, "It's big secret. I am sorry, I can't tell you.A secret makes a woman woman(비밀이에요, 비밀. 유감이지만 가르쳐줄 수 없어요.여자는 비밀을 가져야 아름다워지니까.)."이라 대답한다.그런데 아라이데에게 제압당한 납치범의 동료가 갑자기 빨리 도망쳐야 한다며, 급브레이크 때문에 시계가 고장나 기폭장치가 작동했다고 말한다. 폭탄이 1분 이내에 터질 거라는 말에 승객들은 부랴부랴 버스 밖으로 나가고, 밖에서 인질 구출을 위해 응원을 기다리며 대기 중이던사토 미와코일행은 폭탄이 20초 이내로 터질거란 코난의 말에 일부는 승객의 대피를 돕고, 일부는 앞으로 올 차가 오지 못하게 막는 역할을 한다. 그리고 이 때 소년 탐정단은 도망치다가 옆에 하이바라가 없다는 걸 눈치챈다.하이바라는 경찰의 상황조사 때 어차피 베르무트와 만날 거라는 걸 알기 때문에, 사고사로 위장해 자살할 생각으로 버스 안에 남아 있었다. 자신이 이렇게 죽으면 자신의 주위인물들은 조직에게 노려지지 않을 거라는 것도 감안한 것. 그러나 하이바라의 생각을 알아차린 코난이 돌아와 권총을 쏴서버스 뒷쪽 창문을 깨버리고는, 하이바라를 감싸고선 깨진 창문을 통해 몸을 던져 폭발하기 직전에 버스를 탈출한다. 코난은 다가온타카기 형사에게 하이바라가 다쳤으니 아가사 일행과 함께 병원을 데려가 주라며, 상황 조사는 자신 혼자서 받겠다고 이야기한다. 그러나 사실 다친 건 코난이었고, 하이바라가 상황 조사를 받지 않게 하려고 자신의 피를 묻혀서 부상을 입은 것처럼 보이게 한 거였다. 그러나 아라이데는 멀쩡한 척 행동하는 코난의 부상을 알아차리고는, 치료를 받은 뒤에 조사를 받으라고 말한다.한편,아카이 슈이치는 무전기로 "예측 못한 상황이 발생해 계획 속행이 불가능. 목표는 나타나지 않았고, 작전을 변경해 계획을 조속히 재개한다."는 말을 한다.몸살 증상이 있었던모리 란은 차이나타운에서 일어난 사건의 수사가 거의 끝났을 때 결국 쓰러졌고, 1년 전, 뉴욕에서 있었던 일을 회상하는 꿈을 꾸게 된다. 이 에피소드는 <쿠도 신이치 최초의 사건(TVA 162화, 21권)>에서 이어지는 에피소드다.쿠도 유사쿠와쿠도 유키코의 초대로 뉴욕에 간 란과, 신이치는 유키코와 함께 'Golden Apple(황금 사과)'이라는 뮤지컬을 보러 간다. 중간에 속도위반을 한 것 때문에 경찰에 걸리나,샤론 빈야드의 도움을 받아 위기를 넘긴다. 뮤지컬의 남자 주연 배우가 공연 중에 살해되고, 유키코가 아들의 도움을 받아 범인을 잡게 되어 그녀는 사정청취를 위해 경찰서로 간다.둘만 남아 택시 잡고 호텔로 가던 도중, 란이 샤론 빈야드에게 받은 손수건이 차창 밖으로 날아간다. 란은 그 손수건을 가지고 가려고 잠시 내리고, 그 손수건이 있는 폐건물 안으로 들어간 신이치. 란은 건물 밖에서 기다리고 있는데, 갑자기일본계 남성이 등장한다. 둘을 기다리던 택시 기사는 그를 일본인 살인마로 오해하고 달아난다. 그는 란에게 간단하게 은색 장발의 그 살인마에 대해서 묻는데 보지 못했다고 하자 이곳을 떠나라고 말하지만, 란은 일행을 기다리고 있다고 이야기한다. 그는"꺼져! 이 구역(에리어)에서 당장!"이란 말을 남기고서 동료들과 떠난다.신이치가 걱정되어 그 빌딩 안으로 들어간 란은 빌딩 안에서 어떤 남자와 마주치고, 그 뒤에 나타난 신이치는 란에게 이 남자가 문제의 살인마니까 도망가라고 소리친다. 그는 란을 총으로 쏘려 하지만, 난간이 떨어져서 오히려 위기상황에 처하게 된다. 란은 그런 그를 꽉 붙잡고 끌어올려주려고 했고, 신이치도 도와준다. 둘의 도움으로 올라올 수 있었던 그는 "나를 왜 도와줬냐"고 물었고, 신이치는 "사람이 사람을 도와주는 이유에 논리적 사고는 없잖아?"라고 대답한다. 다음날, 란은 충격과 과로로 인한 열 때문인지 어제 겪은 일을 잊어버린다. 쿠도 유키코가 샤론에게 전화를 걸어 샤론과 헤어진 후 있었던 일에 대해 이야기했는데, 통화 도중 샤론이 "나에게도 천사(엔젤)가 있는 것 같아."라고 말한다.깨어난 란은 그 일본계 남성과 같이 있던 동료가FBI였다는 걸 떠올린다. 후에 신이치와의 통화에서 과로로 쓰러져 뉴욕에서의 일이 기억났다고 이야기하는데, 신이치는 문제의 살인마는 자살한 걸로 알려졌지만 그의 생각엔 뉴욕의 경찰들이 발견하기 전에 누군가가 그를 살해한 것 같다고 이야기한다.어느 날, 모리 탐정 사무소에 소프트웨어 산업 관계자 3명이 찾아와 이타쿠라 스구루라는 유명한 프로그래머를 찾아달라고 의뢰한다. 각각 장기, 바둑, 체스 소프트를 의뢰했는데, 이 사람이 돈 먹고 날릴 조짐이 보이자 그의 행방을 알아내기 위해 찾아온 것. 코난은 그들의 대화를 통해관서 사투리 쓰는 덩치 좋은 사내가 그 프로그래머와 2년 전에 접촉했다는 사실을 알아챈다. 탐정사무소 일행은 의뢰인들과 함께 그가 머물고 있는 호텔을 알아내어 그 곳으로 간다.그러나 얄궂게도 그 이타쿠라는 이미 그와 원한이 있던 의뢰인 중 한 명에 의해 살해된 상태였다.[26]. 하지만 코난은 이 사건을 해결하며 그가 디스켓에 기록한 일기를 손에 넣어 프로그래머가 개발하다 중단했던 소프트웨어를검은 조직에게 팔기로 했다는 걸 알아냈다. 일기의 내용으로 보아서는 무려 1년 동안 그 프로그래머의 집에 무단침입하여 두려움에 떨게 해, 결국 그 프로그래머는 지쳐서 조직의 제안을 받아들인 듯했다. 그러나 소프트웨어 개발은 완료하지 않았는데, 인류를 위해 그만두었다고 한다. 공교롭게도 거래 날짜는 당일 자정. 코난과아가사 박사는 일기의 내용을 따라 이타쿠라의 비밀 별장에 간다. 그 곳에 있는 컴퓨터로검은 조직의 메일을 수신하려고 하나, 10초 안에 비밀번호 입력하는 것을 실패해서 메일이 지워진다. 더욱이 이타쿠라가 개발했다는 그 소프트웨어도 잠금이 걸려있어 내용을 확인할 수 없었다.수신 실패한 직후 별장으로 전화가 걸려오는데, 발신자가 바로워커. 아직 이타쿠라가 죽은 것을 모르는 워커에게 코난은 이타쿠라인 척 거래를 시도한다.하지만 접선 장소인 지하철역 공사현장에서 워커가 소프트와 수표를 수거해가려는 순간진이 나타나 코난이 해둔 추적장치를 눈치채버려[28]검은 조직의 뒤를 캐내는 것은 실패한다. 진은 디스크에 아직 체온이 남아있으니 이 근처에 추적장치를 설치한 탐정이 있을 거라고 여겼고, 이에 코난은 급하게 로커 안에 숨는다. 로커방을 둘러봐도 사람이 없자 진이 로커를 일일히 열어보는 바람에 들킬 뻔 한다. 하지만 진은 코난이 숨어있던 로커를 다 열기 직전 성인이 여기 숨어 있을 리 없다며 다시 로커를 닫는다. 결국 나갈 타이밍을 잡지 못하던 코난은 산소결핍으로 기절했고, 아침이 되고서야 추적안경을 사용해 하이바라가 깨우러 왔다. 그리고 라디오로 이타쿠라의 사망 뉴스를 듣던털모자 쓴 짧은 머리의 남자가 코난과 하이바라와 스쳐 지나가면서 끝.덧붙여 이 에피소드 초반에 코난과 란이 그와 마주쳤는데, 이때 란과 그가 서로 아는 사이라는 걸 안 코난이 놀라서 질문하자 란은 과거 뉴욕에서 마주쳤던 사람이라며FBI같다고 대답한다시작 부분은 애니메이션 오리지널로 한 남자와 여자가 케빈 브라운이라는 유명 인사를 저격으로 살해하는 장면에서 시작한다. 하지만 그것은 가상 현실 시스템으로 만들어진 허상이었다. 선거 유세를 할때 한 번, 호수에서 낚시를 할때 한 번, 전철을 타고 가다 역에 멈췄을때 한 번. 총 3회의 저격을 교대로 성공한다. 선거 유세 때는 여자가 성공하고 저격 거리는 500야드(457.2m), 호수에서 낚시때는 남자가 성공하고 저격 거리는 550야드(502.92m), 멈춘 전철 때는 다시 여자가 성공하고 저격 거리는 600야드(548.64m). 케빈 브라운은 세번 죽은 샘이라는 여자의 말에 네번이라고 반박하며 저격을 시도하는 남자. VIP 룸에서 축구를 관전하는 케빈 브라운을 650야드(594.36m)거리에서 저격을 시도하지만 실패하고 이에 여자는 이번에 맞추면 내가 이긴다며 650야드 저격을 시도하나 실패한다. 그리고 이것을 중간부터진과워커가 지켜보고 있었다. 즉 저격을 하던 두 남녀는 검은 조직의 조직원인것. 워커가 "이거 아무래도 600야드가 한계인거 같은데요." 라고 말하자 진은 그 정도면 충분하다며 훈련장에서 나가려 하자 여자가 진을 부르며 한 번 더 기회를 줄것을 부탁한다. 이에 진은 "그럴 필요 없다... 이번 사냥은 기껏해야 200~300야드다..."라고 한다. 이 말 뜻을 알아차린 여자가 환하게 웃자 진은 "키얀티,코른... 일거리다..." 라는 말을 남기고 훈련장을 나간다.오키노 요코의 소개로 알게 된미즈나시 레나라는 아나운서가모리 코고로에게 초인종 장난 사건을 의뢰해 온다. 사건의 범인은 어린아이임이 밝혀지며 매우 시시하게 해결되지만, 해결을 위해 코난이 부착해둔 발신기와 도청기가 우연히 미즈나시 레나의 신발에 붙어버린다. 코난은 발신기와 도청기를 회수하기 위해 미즈나시 레나의 집으로 되돌아가나, 도청기에서 들려오는 검은 조직의 보스의 메일주소 버튼음 '7살 꼬마'의 멜로디와 진과의 통화 내용으로 미즈나시 레나가검은 조직의 일원, 키르임을 알게 된다.이들의 대화를 들은 코난은 마침 만난조디 센티밀리온과 함께 조직이 암살하려는 장성급 군인이자 전 국방부 고위급 인사였던 코드명 DJ, 도몬 야스테루(한국은 지용근)라는 정치가를 보호하기 위해 쫓는다.조직의 두번째 암살 무대인 베인 B로 가던 중 도몬 야스테루가 전화를 받는데 전화를 끊고 뒤에서 쫓아오던 FBI 차량에 신경을 쓰던 경호요원들을 달래며 이번 난관을 꿋꿋이 해쳐 나가겠다고 발언한다. 작중 아버지의 불륜 스캔들을 묻어두는 조건으로 독점 인터뷰를 했지만 그건 레나의 독단 추진이었고 상부는 모르는 일이었다고 한다. 여하튼 후보들의 과거사를 조사하다보니 그 스캔들이 나온듯. 조직이 왜 이 자를 죽이려 드는지는 밝혀진 게 없어 추측을 해보자면 작중에서 깨끗하고 올바른 이미지를 메인으로 내세우고 불의를 보면 참지 않는다는 말이 나온 것과 부정부패등의 문제에 관해 돌직구를 거침없이 날려 큰 지지를 받았다는걸 볼 때 아마도 조직의 정치부 소속 정치인들이 이 남자에 의해 피해를 좀 본 모양이다. 이게 아니면 야스테루씨와 조직간의 연계점을 찾을 수 없다. 첫번째 암살 장소는 에디 P, 이리저리 생각하던 코난은 코난용과 신이치용 전화를 구분해 전화를 받는 걸 보고 조디가 이중인격 같다는 말을 하자 전날 레나의 집에서 레나가 폐품 정리를 할 때 끼어있던지킬 박사와 하이드를 떠올리고 에디가 에드워드의 애칭임을 떠올린다. 그리고 베르무트의 사냥하기엔 안성맞춤이라는 말과 다른 나라의 역사 공부 좀하라고 워커를 깐 것을 종합해서 에디가 하이드를 의미함을 알아내고 P는 park, 공원이라는 것을 알아낸다. 과거 영국의 하이드 파크는 귀족들의 사냥터로 쓰인 적이 있었기 때문. 저격 장소는 하이드 파크로 확정되었다. DJ가 도몬 야스테루인 이유는 다음과 같다.탐정사무소에 찾아온혼도 에이스케가모리 코고로를 슬쩍 떠보며미즈나시 레나에 대한 정보를 얻으려 한다. 그런데 란이 미즈나시 레나가 아닌 다른 가수의 이름을 말해버리고, 뒤에아버지와 함께 탐정소를 찾아온 남자아이가 그 가수가 살해당했다고 말한다. 아이의 아버지가아들이 그 가수의 시체를 누군가가 버리는 것을 목격했다고 말한 것으로 사건이 시작된다.코난은 사건 조사 중 에이스케의 태도에 뭔가 수상쩍은 분위기를 느낀다혼도 에이스케가 들고 온 기묘한 아르바이트의 수수께기를 푸는 중, 살인사건을 조사 중이었던메구레 경부와타카기 형사와 만나게 된다. 그 살인사건이 일어난 집에 갔더니 놀랍게도 키르의 사고를 목격한 아이가 사는 집이었다. 이때 베르무트가 그 꼬마에게 접촉해 사고에 대한 걸 질문했다는 게 밝혀진다.이 아이는 이 때문에 그 수상한 여자가 자기 엄마를 죽였다고 주장했지만, 진범은 따로 있었다.이렇게 해서 도몬 야스테루가 표적임을 알아내고 하이드 파크에 도착한 코난. 그전에 키르를 다시 추적하려다 만난조디 센티밀리온과 저격 장소로 향한다. 그렇지만 마땅히 저지할 방법이 없어 애를 먹던 중 오전의 비로 인해 사람들이 우산을 휴대하고 있는 걸 보고 조디에게 소음기를 단 총으로 스프링클러를 부숴줄 것을 부탁한다. 총 3개의 스프링클러에서 뿜어진 물은 마치 비가 온 것과 같은 효과를 내고 사람들은 너도나도 우산을 펼친다. 야스테루 역시 경호원들이 우산을 씌워준다. 워커는 주차장엔 비가 안 온다며 손을 내미는데 천운이 따른건지 곧바로 진짜 비가 내리기 시작한다. 날씨의 특성상 비가 어느 한 지역만 오다가 서서히 범위를 늘려가는 경우도 있기에 워커는 그런가 보다 했고. 우산으로 인해 명중률이 떨어지게 되어 진은 철수 명령을 내리고 레나는 정자로 이동하던 중 사람들에게 치여 도청기와 발신기가 붙은 구두가 벗겨지고 코난은 이를 회수라려 하나 운 없게도 실패한다. 이후 레나는 목 상태 이상을 핑계로 조기 퇴근을 한다. 코난과 조디는 일본에 온 FBI 팀의 보스제임스 블랙과 합류해 검은조직을 계속 추적한다.어느 폐공장에서 다시 만난 조직원들, 진은 베인 B로 다음장소를 정하고 캔티와 코른은 저격으로 경호원을 제거하고 베르무트는 과격파 여간부 부스지마 키리코(추혜숙)으로 변장해서 야스테루의 시선을 끌기로 계획한다. 코난은 베인이 화살의 꼬리깃(vane)임을 알아내고 다음 장소는 봉황대교라 확신한다. FBI는 작전장소로 오토바이로 이동 중이던 키르를 몰아넣었지만 그녀는 억지로 빠져나가려 차 위로 올라탔다가 어린아이를 발견한 차의 급제동에 전복되는 바람에 부상을 당해서 FBI가 병원으로 옮긴다.한편, 그녀가 발신기와 도청기가 부착된 신발을 하필 진의 차에 벗어두고 오는 바람에 진에게 발각되고, 조직은 레나가 만난모리 코고로가 설치한 거라 생각해서 모리 코고로를 표적으로 삼는다. 마침진일당이 모리 탐정 사무소를 겨냥하고 있을 때 모리가 이어폰을 꽂고 뭔가 듣고 있었기 때문에 확신하게 된다. 그러나 코난이 일으킨 작은 소동 때문에 사실 그가 듣고 있던 건경마방송임이 밝혀진다. 그러자 도청기에 있는 지문의 주인을 추격하기로 결심했으나 FBI의아카이 슈이치가 출중한 사격솜씨로 도청기를 제거하고키얀티,진,코른을 공격함으로서 FBI의 소행으로 보이게 한 덕분에 위기를 모면한다. 그리고 의식 불명이 된 미즈나시 레나의 행방은 코난이 그녀의 목소리로 방송국에 전화해 잠시 휴가를 낸 것으로 처리한다.코난은핫토리 헤이지로부터 혼도 에이스케의 아버지와 친했다는 한오코노미야키가게 점장의 아들에 대한 정보를 듣고 찾아간다. 어릴 적의혼도 에이스케와 그 아버지가 찍힌 사진도 보고 그 아들과 그의 친구로부터 "그 사람은 회사원이었나?컴퍼니에 고용되어 있다."던가 "이제 잠수다."라는 말을 했다던가 하는 사실을 듣게 된다.코난과FBI대원들이 본격적으로 연합하여 공동의 적인 검은 조직을 타도하려 작전을 꾸미게 된다.이 에피소드에서는 FBI의 에이스 요원인아카이 슈이치가진 주인공이라 할 정도로 엄청난 비중을 차지하는데, 미친 존재감과폭풍간지, 결정적으로 마지막의 충격적인 결말까지 장식하며 팬들에게 강렬한 인상을 남겼다. 사실 제목에 그의 성의 발음과 같은 뜻을 지닌 한자(赤)가 들어가 있어 대놓고 이 에피소드에서의 그의 비중이 주인공급이라는 걸 암시했다. 여담으로 이 에피소드 이후 작화와 채색방법이 바뀐다중학교 동창 병문안을 가는 란과 소노코를 따라 병원에 온 코난은 그곳에서 자신의 누나 혼도 히데미를 찾던 혼도 에이스케와 우연히 만나게 된다. 에이스케가 보여준 누나의 사진은미즈나시 레나와 쏙 닮았지만 에이스케는 미즈나시 레나가 아닐 거라고 하고, 결국 미즈나시 레나 팬이라는 코고로의 마작 친구의 집에 가서 확인하기로 한다. 찾아간 집에서 일어난 보이스 피싱 사건을 해결한 뒤, 그 팬의 집에서 본 미즈나시 레나의 데뷔 초기의 영상에서 그녀의 혈액형이 AB형임이 밝혀진다.미즈나시 레나와 혼도 에이스케는 혈액형이 달라 혈연관계가 아님이 밝혀졌지만 코난은 미심쩍어 한다. 에이스케의 혈액형과 누나에게 수혈받았다는 이야기가 진짜인지 확인하기 위해 예전에 에이스케 모자가 신세를 졌다는 집에 가기로 한다유품인 모자 수첩엔 에이스케가 분명히 O형이라고 되어 있었고 그 집안 사람들로부터 수혈을 받았었다는 증언도 들어 확실해졌지만, 주사기 흔적이 있는 에이스케의 맨 몸통을 본 코난은 뭔가 신경쓰여 한다.혼도 에이스케가 미즈나시 레나가 잠들어있는 베이카 중앙병원에서 아빠의 동료를 발견했다는 말을 남기고 연락이 두절된다. 컴퍼니즉, 미연방수사국CIA의 일원이 미즈나시 레나를 찾고 있을 가능성이 있다고 생각한 코난은 조디 선생과 상담하려 한다. 조디는 에이스케의 아버지 에단 혼도가 CIA의 NOC였고 이미 고인, 그것도 미즈나시 레나에 의해 죽었다는 정보를 알려준다. 그런데 혼도 에이스케가 발견했다는 아빠 동료의 단서라는 것이 '7살 꼬마' 멜로디의 메일주소였고, 병원에 잠입한 것은 CIA가 아니라검은 조직의 조직원이었다.혼도 에이스케를 만났다는 간호사의 증언과 사실 관계를 토대로 조직의 잠입자의 용의선상을 좁히고, 코난이 그들의 병실에 들어가 떠보고는 조직원을 알아낸다. 한편, 코난은 간호사에게서 에이스케가백혈병을 앓아 수술했었다는 사실을 듣게 된다. FBI는 조직원으로 지목된 쿠스다 리쿠미치를 감시하다 미즈나시 레나를 찾고있던 현장을 잡아 검거하려 한다. 그는 폭탄으로 위협한 다음 차를 타고 도주하지만, 아카이 슈이치가 따라붙자 자신의 관자놀이를 권총으로 쏴서자살했다.미즈나시 레나를 찾던 쿠스다 리쿠미치와 연락이 두절되자,조직은 곧 그가 잠입해 있던 병원에 미즈나시 레나가 있음을 알아챈다. 조직은 냄새 소동,화재, 집단식중독을 동시에 발생시켜병원을 마비시킨 다음, 병원 환자들에게 위문품으로 위장한폭탄을 보낸다. 그리고 합성한 미즈나시 레나의 영상을 내보내어 FBI 요원들이 미즈나시 레나의 병실에 모이게 하고, 폭탄에 장치해둔 발신기로 키르가 있는 병실까지 알아낸다. 결국 FBI는 세 대의 차로 나누어 교란시키며 탈출하는 작전을 실행하나, 진이 키르가 타고 있는 차를 간파해 버리고 결국 미즈나시 레나를 조직에 빼앗기고 만다.미즈나시 레나는 CIA의 요원이자 혼도 에이스케의 누나인 혼도 히데미 본인이었다. 에이스케는 골수이식을 받아 혈액형이 바뀌어버린 거였고, 에단 혼도의 죽음 역시 검은 조직이 그와 레나가 만난 것을 알아차린 탓에 딸이 의심받을 위기에 놓인 걸 알자, 에단이 딸을 위해 연극을 만들어 희생한 것이었음이 드러난다. 아카이 슈이치와 미즈나시 레나는 에이스케에게 증인보호 프로그램을 적용하는 대신 조직에 다시 잠입하는 거래를 했던 것호텔에서 일어난 살인사건에안드레 캐멀이 용의자로 지목되어 FBI의 신경이 그쪽으로 쏠리게 되자, 미즈나시 레나는 조직의 명령에 의해 아카이 슈이치를 라이하 고개로 불러낸다. 아카이 슈이치는제임스 블랙이 함정이라며 말림에도 불구하고 약속 장소로 향한다. 미즈나시 레나는 진이 모니터 너머로 지켜보는 가운데 아카이 슈이치를 총으로 사살한 후, 차와 함께 불태운다.미즈나시 레나가 FBI에게 검은 조직의 새로운 멤버가 움직이기 시작했는데 그 자의 코드네임이 '버번'이라고 알려줬고,조디 센티밀리온은 코난에게도 이 정보를 알려준다. 한편소년 탐정단은간만에들어온 의뢰를 해결하기 위해 방문한 동급생의 집이 방화된 사건을 접하게 되었는데, 하이바라 아이는 세 명의 방화 용의자 중 누군가에게 검은 조직 사람의 기운을 느끼고 두려움에 떤다. 방화사건 해결 후, 집이 타 없어진오키야 스바루가 쿠도 가에서 살게 된다.은행강도 사건에소년 탐정단이 얽힌다. 마침 마찬가지로 휘말린 조디가 현장에서 아카이 슈이치로 보이는 화상입은 남자와 마주친다. 그 화상남은 슈이치가 맞냐는 조디의 물음에 아무 대답도 없었고, 조디는 슈이치가 불탄 쉐보레에서 탈출하고 기억을 잃었다고 생각하게 된다.소년 탐정단과 귀가하던 코난은 한 남자가 죽으려는 걸 막고, 아유미, 겐타, 미츠히코에게서 화상입은 남자에 대한 얘기를 듣는다. 그리고 다음 날, 탐정 사무소 식구들은 의뢰를 받아 베이카 백화점으로 왔지만, 백화점에서 폭탄 협박 사건이 일어난다. 조디는 아카이 슈이치로 보이는 화상입은 남자가 쓰고 있던 모자를 단서로 그를 조사하기 위해 베이카 백화점에 와 있었다가, 컵받침에서 '도망쳐. 이 구역(에리어)는 위험해.'라는,아카이 슈이치가 쓴 듯한 글귀를 발견한다.또 한편 워커가 TV에서 은행강도 사건을 되짚어 주는 영상에서 그 화상남을 발견하였고, 조직은 그 화상남을 제거하려고 하였으나 그 화상남은 스코프로 그를 겨누고 있던키얀티를 똑바로 바라보며 웃었다. 그러던 중 코난이 상품권이란 소리로 인파를 유도하는 방법으로 대피시킨다. 그 후, 베르무트로부터 그 분의 말을 뭔가 전해받은 듯한 진이 명탐정은 소설 속에만 있어줬으면 좋겠다며 철수. 참고로 이 장소에오키야 스바루도 있었는데, 그 화상남과키얀티를 보고 의미심장한 미소를 지었다.폭탄협박 사건의 트릭으로 쓰인 일본어 수기신호를번안하는 게 불가능했기 때문. 당시 팬들은 '백화점에 몸에 폭탄을 두른 남자가 나타나 폭탄이 터질 위기에 처한 상황'인데 이 일이 어찌 되었는지 보여주지 않고 다른 에피소드로 넘어가는 게 말이 되냐며 투니버스를 강하게 비난했고, 이 때문인지 재방송과 VOD에서 '위기를 부르는 붉은 전조' 편을 뺐다. 사실상흑역사취급.모리 탐정 사무소 화장실에서 의뢰인을 붙잡아두고 있던 어떤 남자가 죽으려하는 사건이 일어난다. 오빠가 사고로 사망한 건 사흘 전이고, 방금 전엔 어떤 남자가 죽으려하는 걸 눈앞에서 봤으니 의뢰인이 큰 충격을 받았을 것이므로 자세한 조사는 내일 받는 게 낫겠다는모리 코고로의 의견을 받아들인메구레 쥬죠가 일단 경찰조사를 끝낸다.아무로 토오루는 남자의 동료가 의뢰인의 집 근처에서 의뢰인을 기다릴 지도 모르니까 바래다 주겠다고 이야기한다.그러나 사실 화장실에서 사망한 남자가모리 코고로에게 조사를 의뢰한 진짜 의뢰인이었고, 의뢰인으로 가장하고 있던 여성에게 살해당한 거였다. 그 남자는 며칠 전에 일어난 은행 강도 사건 당시 은행에 침입한 강도범 3명 중 한 명이며, 이 여성은 당시 사망한 은행 직원의 동료이자 그 직원의 애인이었다. 그녀는 애인의 복수를 위해 강도범들이 누구였는지 알아내어 살해했던 것. 모리 일행이 사실을 일부 눈치챌 것을 대비해 편의점에 간다는 핑계로 그 집을 떠나려고 했는데,에도가와 코난이 따라오자 코난을 잠재워 인질로 삼고는, 모리 일행에게 내일 아침까지 자신에 대해 경찰에게 알리지 말라고 협박을 했다.코난이 갖고 있는 탐정 뱃지를아가사 히로시가 추적할 수 있다는 걸 떠올린모리 란이 아가사 박사에게 코난의 행방을 추적해달라고 전화한다. 아가사 박사,하이바라 아이,오키야 스바루는 이를 위해 스바루의 차를 타고 출발하고, 모리 탐정 사무소에서 사건이 일어났다는 소식을 뉴스로 듣고 걱정이 되어 전화한세라 마스미도 코난이 납치되었다는 말을 듣자 오토바이를 타고 모리 일행이 있는 곳으로 향한다. 스바루는 코난이 정확히 어떤 상황에 처했는지 알 수 없으니까 우선은 모리 일행에게 코난의 위치를 알려주지 말라고 말한다.한편, 코난은 사건의 진실을 파악했을 뿐만 아니라 이 여성이 복수를 끝내면 자살할 생각도 하고 있다는 걸 눈치챘기 때문에 일부러 따라간 거였고, 그녀가 자신에게 수면제가 든 주스를 주자 마신 척하고서 잠든 척하고 있었다. 그녀에게 자신이 사실을 눈치챘다는 걸 알려주고는 3번째 강도범을 찾는 걸 도와주겠다고 제의한다. 둘은 그 강도범으로 추측되는 3명의 여성의 집을 방문했는데, 이 여자 강도범은 자신의 집에 왔던 두 명을 수상하게 생각해서 미행했고 정체를 들킨 걸 알자 코난을 인질로 잡고는 운전대를 잡고 있던 여성을 위협해 차를 운전하게 한다. 이 과정에서 총소리가 들렸고, 마침 근처에 있던 아가사 일행은 정말로 코난이 위험해졌다는 걸 알고는 모리 일행에게 코난이 탄 차의 행방을 이야기해준다.코난을 납치한 여자의 차를 아가사 일행-모리 일행-세라 순으로 뒤좇고 있는 상황. 이 때 하이바라는 뒤쪽에서 뭔가 쫓아온다는불길한 느낌을 받는다. 그 표정을 본 스바루는 "그런 표정 짓지 마. 안 놓칠 테니까."라며 안심시킨다. 그는 아가사 박사에게 핸들을 넘기고 차 문을 연다. 그대로 뭔가 할 생각이었으나, 마침 자신의 차를 따라잡은 차의 운전자인아무로 토오루의 얼굴을 보자 생각을 바꿨는지 차 문을 닫는다. 코난이 타고 있는 차를 앞서 나가자, 아무로는 자신의 차와 그 차를 부딪치게 해서 강제로 강도범이 타고 있는 차를 세운다.강도범이 화를 내며 코난을 인질로 잡은 상태에서 차 밖으로 나오자,오토바이를 탄 채로 차 위로 올라간세라 마스미가 오토바이 뒷바퀴로 강도범의 얼굴을 공격해 코난을 구해낸다. 아가사 일행은 그보다 늦게 도착한다. 이후, 이 상황을 보고 있던베르무트는버번에게 전화를 걸어 "보아하니 일단나하고 한 약속은 지켜줄 거지? 버번."이라고 말한다. 그 때 전화통화를 하고 있는 것처럼 보였던 사람은아무로 토오루,세라 마스미,오키야 스바루3명.베르무트는진과의 전화통화에서셰리가 아마도 미스터리 트레인에 탈 것이라는 정보를버번이 알아냈다고 이야기한다. 한편,소년 탐정단을 포함한 코난 일행과세라 마스미는 예정대로스즈키 지로키치가괴도 키드를 잡기 위한 목적으로 발진시키는 미스터리 트레인에 탑승하게 된다.원래 보통 열차처럼 몇몇 역에 정차할 예정이었지만, 열차 내에서 발생한 살인에 대한 소식을 들은 지로키치는 발끈해서 중간의 어떠한 역도 무시하고 종착역인나고야역으로 바로 오라고 명령한다. 이 사실을 알아낸워커는 진에게 보고한다. 이미 진과 워커는 나고야 역에C4를 장착하고 기다리고 있었다. 이에 대해 대화를 하던 중에 워커가 진에게베르무트가 남은 폭탄을 달라고 했다는 말을 하자, 진은 처음에 의아하게 생각했으나 곧 셰리를 화물칸으로 유인해 폭사시켜서 다른 승객들을 말려들지 않게 하려는 것임을 눈치챈다.한편,쿠도 유키코와 대치 중이던 베르무트가 미리 설치해둔 연막탄으로 열차를 혼란시켜 셰리를 유인한다. 간신히 연막탄에서 빠져나온 셰리가 한숨을 돌리고 있을 때,아무로 토오루가 나타나자신을 버번이라고 소개한다. 이 때 정말로 아카이 슈이치가 죽었는지 확인하기 위해 아무로가 그의 모습으로 변장하여 FBI 요원들의 주변을 맴돌고 있었다는 게 밝혀진다. 버번은 셰리를 화물칸 쪽으로 몰아넣은 뒤에 화물칸을 분리하면 동료가 와서 데려갈 거라며 회유하려고 했으나, 이미 베르무트가 화물칸에 폭탄을 깔아놔서 계획대로 할 수 없게 된다. 화물칸을 분리하는걸 포기하고 직접 데려가려고 하니 셰리는 도리어 화물칸 쪽으로 도망친다. 그는 뒤쫓으려고 했지만, 뒤에서 나타난누군가가 던진 수류탄에 의해 열차칸이 분리되고 화물칸이 폭발하면서 임무가 성공한 것처럼 보였지만……. 실은괴도 키드가 미야노 시호로 변장한 것으로,쿠도 유키코와에도가와 코난이 함정을 판 것이다.폭발의 영향으로 열차는 나고야가 아닌 다른 역에서 정차해버렸고, 조직은 셰리가 죽은 것으로 판단하고 철수하지만, 베르무트는 자신이 속았다는 걸 깨닫고는 이번 일을 모른 척하기로 하고, 버번은 열차에서 자신을 방해한 이가아카이 슈이치인 것 같아 그가 정말 사망했는지 다시 조사를 시작하기로 한다.신사에 꽃놀이를 온 소년 탐정단과 아가사 박사가 그곳에 온 조디를 만난다. 사실 조디는 코난이 불러서 온 거였으며, 코난은 그녀에게화상남과 버번의 정체를 알려주며 그가 왜 아직도 모리 탐정 곁에 있는지 조사해달라고 부탁한다. 그때 <탐정단 VS 강도단> 때 피해자였던 남자가 조디를 알아보고 다가와 말을 건다. 그 남자가 조디와 이런저런 얘기를 나누던 중, 아가사 박사에게서 살인사건이 일어났다는 전화가 걸려온다. 그곳에서 살해당한 인물은 소매치기 쿠로베. 코난은 쿠로베에게 털린 인물들 중에 범인이 있을거라 생각하고 쓰레기통에서 지갑을 찾아내 용의자를 추려낸다. 용의자는 방금까지 자신들과 같이 있었던 그 남자, 점괘묶는 곳에서 만난 노인, 참배하는 곳에서 만난 여성이었다.사건이 해결된 후, 코난은 은행강도 사건 때 조디와 만난 적이 있다는 남자가 소매치기 피해를 입었는데 조디와 이야기하던 도중 소매치기범과 마주쳤을 때 소매치기범을 처음 만난 것처럼 행동한 것에 의문을 품고 질문을 했는데, 갑자기 그 남자의 아내라는 만삭의 여인이 다가와서 설명해준다. 이 때문에 코난은 남자에 대한 의심을 풀었다.그러나 그 여인은베르무트의 변장이었으며, 남자는 버번(아무로 토오루)가 변장한 거였다. 버번은FBI에게서 아카이에 대한 정보를 얻어내기 위해 당시 화상입은 아카이의 옆에 있던 남자로 변장하고, 베르무트는 조디를 테이프로 결박했던 여자로 변장한 것으로 추정된다. 이 여인은 이야기하던 도중에 입덧을 해서 조디에게 부축을 받았는데, 버번이 조디에게 접근하면서 설치해둔 도청기를 회수하기 위해서였다. 그리고 버번은 코난 일행과 헤어진 후 변장하기 위해 잠재워뒀던 남자가 있는 곳으로 가서 그 남자의 주머니에 지갑을 넣어줬다. 이 남자가 소매치기에 당한 건 버번이 그 남자를 잠재워서 변장하기 전에 일어난 일이라서 버번은 조디와 같이 있을 때 만난 소매치기범을 알아보지 못한 거였다.그리고 <코고로는 바에 있다(TVA 738~739화)> 편의 마지막에 밝혀진 거에 따르면 은행강도 사건와 그 남자가 은행강도 사건에 대해 한 말이 안 맞아서 며칠 뒤에타카기 와타루가 그 남자를 만나러 가 확인하려고 했는데, 그 남자는 자신은 독신이고 이 소매치기 건에 대한 기억이 전혀 없으며, 아는 사람 중에 임산부는 없다고 대답했다고 한다. 경찰이 이상하게 생각한 건 당시 강도들은 일부러 은행 내에서 아는 사람이 없거나 은행에 혼자 온 사람에게 사람들을 테이프로 결박시키는 일을 시켰다고 했는데 조디를 결박했던 여자가 나중에 온, 그 남자의 아내라고 했기 때문. 게다가 아내가 임산부라고 해서 더 이상하다고 생각했다고.이 사실을 타카기 형사에게 들은 코난은 당시신사에서 만난 부부는 베르무트와 버번의 변장이었다는 걸 알아차리고 무척 당황해서모리 코고로를 놔두고 급히 뛰어 간다. 코난은 강도들이 인질들을 결박할 당시에 그 자리에 없었기에, 이 이야기를 들을 때까지 그 남자의 말이 이상하다는 걸 알아차리지 못한 것. 그는 하이바라와 만나서 급히 뭔가를 확인하려고 했는데, 길을 가던 도중에 이 둘이 언젠가 들킬 변장을 한 건 이쪽을 떠봐서 함정을 빠뜨리기 위해서일지도 모른다는 생각이 들자 멈춰 섰다. 그리고 하이바라에게 전화를 걸어 최근에 조직원들과 마주쳤을 때 받는 느낌을 받은 적이 있냐고 물어봤다. 하이바라가 아니라고 대답하면서, 혹시 조직이 자신의 생존을 알아챘냐고 놀라며 따졌고 다행이라며 확인차 물어본 거였다고 전화를 끊는다. 그 때 아무로는 뒤에 숨어서 코난을 지켜보고 있었다.키사키 에리가맹장염때문에 하이도 중앙병원에 입원했다는 소식을 들은코난과 란이 병문안을 갔고, 뒤늦게 소식을 들은모리 코고로도 병원으로 온다. 코난과 모리 탐정은 병실 밖에서아무로 토오루를 만나게 되었다. 대화하던 중 아무로는 어떤 아이가 외친제로라는 단어에 민감하게 반응했는데, 이에 대해 모리 탐정이 묻자 어릴 적 별명이었다고 대답한다. 그러나 코난은 뭔가 눈치챘는지, 병원에서 살인사건이 일어난 후 그를 '제로'라고 부르면서 사건을 풀 탐정 역할을 하도록 유도했다.쿠스다 리쿠미치에 대해 조사하던 아무로는 코난에게도 이에 대해 질문했는데, 코난은 모른다고 대답했다. 그러나 사건이 해결된 후 아무로가 다카기 형사에게 지나가는 이야기를 하는 식으로 물었을 때, 타카기는 폭탄소동의 며칠 전 병원의 근처에서 파손 차량이 발견된 것과 그 차의 주인이 쿠스다 리쿠미치였다는 것, 자동차 앞좌석의 피가 1mm도 안 되는 길이로 끊겨 있었다는 말을 한다.아무로는조디 수사관의 친구 시부야 나츠코에게 의뢰를 받았다.베르무트를 차에 태우고 그녀를 만나러 가던 도중, 나츠코가 계단에서 떠밀려 부상을 입은 걸 발견했다.코난은 조디와 접촉해 버번이 쿠스다 리쿠미치의 죽음을 조사하기 시작했으니 특별히 조심하라고 강조했다. 그러던 중 조디에게 전화가 온다. 내용은 자신의 친구인 나츠코가 계단에서 굴러떨어졌으니 사건 현장으로 오라는 것. 현장에 도착한 조디는캐멀과 조우한다.사건 수사 중 피해자에게서 스토커 조사 의뢰를 받았다는 아무로가 왔는데, 그는 캐멀과 조디가FBI라는 말을 경찰에게서 듣고는 은근히 저 두 사람을 도발했다. 이를 지켜본 코난은 슬쩍 아무로를 데려가 "아무로 형은 적 맞죠? 나쁜 놈들의……."라고 질문했다. 그런데 아무로는 "제로는 내 어릴 적 별명이 맞지만 넌 나에 대해서 약간 오해하고 있는 것 같네."라고 대답했다.그 말을 들은 코난은 당황했다. 코난은 그가 조디와 캐멀에게 일본에서 얼른 나가달라고 말한 것, 그가 전에 제로라는 단어에 민감하게 반응한 것 등을 토대로 그를공안의 스파이로 추정했기에자신들의 사정을 어느 정도 이야기할 생각으로 조직의 적이 아니냐고 물었는데 아무로는 이걸 부정하는 듯한 말을 했기 때문이다. 아무로가 자신의 생각과 달리 공안이 아니라면 조직에게 우리들의 계획이 탄로날 수 있다고 생각했다.사건이 해결된 후, 나츠코의 상태가 심각해졌다는 연락이 온다. 이 말에 조디 일행은 서둘러 병원으로 갔다. 병실로 간 조디와 코난은 의식이 돌아온 나츠코를 만나고서야 함정이었다는 걸 깨닫고 병원 입구 쪽에 있는 캐멀에게로 달려갔다. 조디는 캐멀에게 아무로가 떠나는 걸 봤는데 뭔가 말하지 않았냐고 물었고, 캐멀은 방금 말하지 않았냐며 의아해했다. 사실 캐멀이 아무로와 헤어지기 전에 만난 조디는 베르무트의 변장으로, 아무로와의 대화가 끝난 후 동료가 오면 경계심이 풀어질 것을 이용한 것. 캐멀은 조디로 변장한 베르무트에게 쿠스다 리쿠미치가 차 안에서 총을 머리에 대고 자살했다는 말을 안 했다는 말 밖에 안 했다고 했는데, 이 말을 들은 코난은 놀라서 굳어버렸다. 이것은 아무로가아카이 슈이치의 죽음에 의문을 품고 있다면, 쿠스다 리쿠미치의 시체를 이용해 아카이가 죽은 척 위장했을 거라고 추리할 수 있게 해주는 정보였기 때문. 실제로 이렇게 추리하고 있던 아무로는 이걸 확인하기 위해, 다음날 택배 배달원인 척 쿠도 저택에 와서오키야 스바루를 만났다. 그는 스바루에게 쿠스다의 시체를 이용해 어떻게 아카이가 죽은 것처럼 위장한 건지를 설명하고 아카이가 오키야로 변장하고 있을 거라고 자신이 추정하고 있음을 밝혔다. 지금쯤 자신의 동료들이 당신의 동료를 궁지에 몰아넣고 있을 테니, 동료들에게서 전화가 오기 전에 빨리 마스크를 벗고 정체를 드러내라고 말했다.한편, 캐멀의 말을 들은 코난의 표정이 마음에 걸린 조디는 캐멀과 함께 아카이가 죽은 라이하 고개로 가고 있었다. 코난의 반응 때문에 쿠스다의 시체로 아카이가 죽은 척 위장했을 수도 있음을 깨달은 조디는 라이하 고개로 가면 이를 확인할 수 있을 만한 걸 발견할 거라고 생각했다. 그런데 갑자기 수상한 차량들이 나타나 이들을 추적하기 시작했다. 추적전 도중 타이어의 공기가 거의 다 빠져서 더 이상 따돌릴 수 없다고 캐멀이 생각했을 때, 뒤쪽 좌석에 있는 누군가가 차 지붕을 열라는 말을 했다. 이 사람은 다름아닌아카이 슈이치. 그는 캐멀에게 5초 동안 속도를 유지하고 있으라고 한 뒤 바로 뒤에서 따라 오고 있던 차량의 타이어를 향해 총을 쐈다.스바루를 추궁하고 있던 도중, 조디 일행을 추적하고 있던 사람들에게서 조디 일행의 차에 아카이가 타고 있었다는 연락을 받은 아무로는 당황했다. 이들은 아무로에게 아카이가 쏜 총에 맞아 맨 앞에 있던 차의 타이어에 구멍이 나는 바람에 더 이상 추적할 수 없게 되었다는 말을 했는데, 마침 아카이가 와서 권총과 휴대전화를 바꾸자는 말을 했다. 그 휴대전화를 통해 아무로와 통화하게 된 아카이는 그가공안의 스파이임을 알고 있다는 걸 알려주고, 네 동료들에게 준 총은 쿠스다 리쿠미치의 권총이니 조사해보라며 나를 잡아 조직에서 출세할 생각이었던 듯한데 눈앞의 공적에 눈이 멀어 진정한 목적을 잊지 말라는 말을 했다. 이 말을 들은 아무로는 더 쫓으면 위험하니까 돌아가자고 동료들에게 말했고, 통화가 끝난 후 스바루에게 자신이 오해했다고 말한 뒤 돌아갔다. 이후 베르무트와 만났을 때, 아무로는 확인해보니 자신의 추리가 잘못된 거였다고 말했다.며칠 후, 아카이는 조디와 캐멀을 쿠도 저택으로 불러서 자신이 오키야 스바루로 변장하고 있다는 걸 분명히 밝혔다. 저 당시 스바루로 변장하고 있었던 건쿠도 유사쿠. 사실 아카이가 저 두 사람을 쿠도 저택으로 부른 건쿠도 유키코와 아가사 박사, 코난의 도움을 받아 오키야 스바루로 변장한 채 지내고 있다는 걸 알려주기 위해서가 아니라미즈나시 레나에게서 받은 문자메시지의 내용이RUM이라는 걸 알려주기 위해서였다.