2014년 12월 민주노총 사상 최초로 직선제로 치러진 위원장 선거에 출마해 당선됐다. 2015년 세월호 1주기 희생자 추모집회에서 도로를 무단 점거하고 청와대 행진을 시도해 집회 및 시위에 관한 법률 위반과 일반교통방해 혐의로 불구속 기소됐다. 그러나 재판에는 불출석하는 와중에 6월에는 노동절 불법시위를 주도한 혐의로 체포영장이 발부됐고, 3차 공판[4]이 있던 10월 14일 재판 불출석 이유로 구인장이 발부됐고, 4차 공판이 있던 11월 11일에도 불출석하면서 같은날 구속영장이 발부됐다[5].

11월 14일 민중총궐기 때 모습을 보였고, 이후 종교시설이라는 특수성 때문에 공권력을 발휘하기 어렵다는 점을 이용해 조계사로 피신했다. 경찰에서는 조계사에 한상균 대표의 퇴거를 요청했지만, 조계사 화쟁위원회는 강제퇴거를 거부하고, 한 대표의 자진퇴거를 기다린다는 입장을 발표했다. # 12월 9일 강신명 경찰청장이 통보한 자진출석 시한이었던 오후 4시를 전후로 경찰 병력이 투입돼 검거 작전을 준비했지만, 자승 총무원장의 중재로 하루 연기됐다. 한상균은 10일 기자회견을 한 후 오전 11시 자진퇴거하겠다고 말했다.
2015년 오전 11시 20분경 조계사에서 나와서 경찰에 체포되었다. 하지만 이 과정에서 "비정규직 철폐"라는 글자가 쓰여진 '머리띠'를 두른 채 조계사를 빠져나가는 장면이 나오면서 끝까지 불법집회를 선동하는 것 아니냐는 논란이 일었다.

현재 한상균 위원장이 받고 있는 혐의로는 2015년 4월 16일 세월호 추모집회 때 일반교통방해죄, 4월 18일 세월호 진상규명 범국민대회 때 일반교통방해죄 및 해산명령불응죄, 4월 24일 민주노총 총파업과 5월 1일 노동절집회와 9월 23일 민주노총 총파업집회 때 일반교통방해죄 및 주최자준수사항 위반, 11월 14일 민주총궐기 금지통고집회 추진 및 일반교통방해죄와 특수공무집행방해치상죄 등이 있다