It's difficult to discern + 간접목적어(명사절) 어순

- 의문사(가 들어있는 모든 부분)

- 주어(가 따로 없고, 의문사 자체가 주어면 없음 =>예: Who phoned)

- 동사 ~ (나머지 부분)

따라서

- 의문사 부분 how much (보어 역할)

- 주어________natural precipitation variability.

- 동사________is ~ 식이 되는 것입니다.

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하지만, 특히 문어체에선 가끔씩 how다음 (특히 주어가 다소 긴 경우) be동사가 들어가 있을 경우엔, 보통의 의문문처럼 도치가 일어나기도 합니다. 

그래서, 아래와 같은 문장이 가능한 것입니다.

it's difficult to discern how much is natural precipitation variability.