조선 시대에는 나주목 · 진도현 · 무안현 · 압해현 지역이었고, 1910년 목포부로 개칭하였다가 1914년 무안군에 속하였다. 1969년에 무안군의 도서부(島嶼部) 일대를 분리하여 신안군을 만들었다. 전라남도 자료에서는 '신안(新安)' 지명에 대해 무안(務安)군에서 생겨난 새로운 군이라는 뜻으로 유래되었다고 소개되어 있다.

동쪽은 바다 건너 무안군과 목포시, 서쪽은 황해, 남쪽은 다도해, 북쪽은 영광군의 낙월군도(洛月群島)와 접한다.

유인도 111개, 무인도 719개 등 830개 섬으로 이루어져 있다. 섬의 수가 국내 전체 섬의 약 25%를 차지한다. 섬들이 황해에 넓게 흩어져 있어 해역이 넓다. 각 섬에는 구릉성 산지가 많고 평지의 발달은 미약하나 연안의 개펄을 간척한 평지는 넓다.

큰 섬으로는 안좌도(安佐島:45.2㎢), 압해도(押海島:44.3㎢), 비금도(飛禽島:43.1㎢), 도초도(都草島:40.3㎢), 임자도(荏子島:43.2㎢), 암태도(岩泰島:38.7㎢), 증도(曾島:37.2㎢), 장산도(長山島:24.3㎢), 하의도(荷衣島:16.1㎢), 흑산도(黑山島:19.7㎢) 등이 있다. 신안군이 있는 해역은 전부 대륙붕(大陸棚) 지대로서 수심은 15m 이내의 얕은 바다이다.

기후는 한국의 남서해상에 있는 섬이기 때문에 해양성기후가 나타나며, 1월 평균기온 2∼4℃, 8월 평균기온 24℃, 연평균기온 14℃이고, 연강수량은 800∼1,000mm이다. 황해안을 남쪽으로 내려가는 연안수(沿岸水)의 차가운 바닷물과 황해 중앙부를 북상하는 황해난류가 만나는 지역으로 짙은 안개가 끼는 날이 많아, 선박의 항해에 지장을 준다.